Kawaguchi từng học tại trung học Shimizu Commercial và là thành viên của đội tuyển trường này. Sau khi tốt nghiệp trung học, anh gia nhập vào đội Yokohama Marinos (nay là Yokohama F. Marinos).

Những thành công sau đó cả trong màu áo Yokohama Marinos và đội tuyển Nhật Bản, đặc biệt là chức vô địch châu Á 2000 đã giúp anh được đến Anh thi đấu cho câu lạc bộ Portsmouth với phí chuyển nhượng 1,8 triệu £.[1] Tuy nhiên, 21 bàn thua trong 11 trận đấu ở mùa giải 2001/2002, trong đó có thất bại bẽ mặt 1-4 của Portsmouth trước đội bóng nghiệp dư Leyton Orient ở Cúp FA, đã khiến anh không còn được huấn luyện viên Harry Redknapp tin tưởng[2] và anh mất vị trí chính thức về tay Dave Beasant. Anh có trận đấu cuối cùng cho Portsmouth ở cuối mùa giải 2002-03 khi vào sân thay người trong chiến thắng 5-0 trước Bradford City. Sau đó, anh đã chuyển đến Đan Mạch để thi đấu cho câu lạc bộ FC Nordsjælland. Đến năm 2005, Kawaguchi trở về quê nhà Nhật Bản và ký hợp đồng thi đấu cho Júbilo Iwata.[3]